Inter Europa cuenta con tres grandes áreas.

Una de las peculiaridades de Inter Europa es la unión entre el área local e internacional. Esta unión le da un carácter internacional a buen número de proyectos y actividades.

El área local donde se encuentran los programas de ocio educativo y el programa de empleo. Ambos programas están dirigidos a jóvenes con discapacidad intelectual.

El área internacional donde se encuentran todos los programas de formación  y voluntariado en Europa.

El área de calidad y medio ambiente, que tiene como misión implantar las normas de calidad y medio ambiente.